食品科学与化学工程系， 2013年9月开始招生，现开设应用化工技术、工业分析技术、食品生物技术三个专业，在校生208人；专职教师18人，其中副教授5人，具有硕士学位9人；双师素质教师8人。现拥有基础化学、仪表及自动化、化工单元仿真、化工管路拆装和精密仪器等6个实验实训室，与校企合作单位杭州聚光科技有限公司，在校内共建环境监测、产品检验实验中心，同时在菏泽市及周边地市化工工业园内建立多个校外实训就业基地。

食品科学与化学工程系始终坚持以服务为宗旨，以就业为导向，以质量为根本，围绕化工企业岗位需求，探索人才培养模式，构建以岗位能力为核心的课程体系，经过五年的专业建设和改革，形成了符合社会需求的人才培养方案，拥有结构合理的师资队伍，形成了“突出能力、强化素质、理论够用、实践为重”的专业人才培养理念。

不断深化教育教学改革，努力提升教育教学质量，积极推动“专升本”工作，着力提高专升本考试成绩，为毕业生提供和创造继续深造的机会，在2018年“专升本”考试中，15级应用化工技术专业4名学生被德州学院等高校录取。在教学过程与日常管理中，强化素质教育，牢固树立正确的成才观，会学习，懂技能，早日成为国家的栋梁之材。

食品科学与化学工程系坚定不移地以科学发展观统领全局， 面对化工行业发展的新形势，以应用化工技术重点专业建设为契机，以加快发展为主题，以提高质量为核心，以扩大就业为重点，以深化改革为动力，求真务实，开拓创新，加强党的建设和思想政治工作，加强学生管理和教师队伍建设，提高教育质量和管理水平，加强化工实训中心建设工作，推进“校企合作，工学结合”为特色的人才培养模式，着力培养学生服务国家与人民的社会责任感、独立分析解决问题的能力，努力培养德、智、体、美全面发展的技术技能型人才。